Las Tortugas se originaron en un pequeño cómic en blanco y negro de Kevin Eastman y Peter Laird titulado "Eastman and Laird's Teenage Mutant Ninja Turtles." Se publicó en 1984 por Mirage Studios. Se convirtió una sensación de la noche a la mañana entre los cómics independientes. El origen de la historieta es una parodia y un homenaje al trabajo de Frank Miller. La cubierta de la primera edición es muy similar a Rōnin de Frank Miller, y el origen la historia de las tortugas implica el mismo origen que el de Daredevil. Los enemigos de las tortugas, el Clan Foot (lit. Clan del Pie), pudieron también haber sido inspirados por otra creación de Miller, The Hand (La Mano), un grupo de asesinos ninja.

La primera edición fue anunciada antes de su publicación en una guía de cómics, la cual consiguió mucha atención de los fanáticos de historietas cómicas, tanto, que la primera tirada de 3000 copias fue vendida inmediatamente, y rápidamente se incrementó su valor comercial. Se suponía que el cómic iba a ser solo una parodia de una sola edición, pero el éxito de las ventas condujo a una serie de continuaciones.

El formato del cómic fue más grande que el de las historietas regulares, y permaneció en este tamaño para las primeras ediciones. El éxito también condujo a un incremento de popularidad de los cómics en blanco y negro a mediados de los años 80, cuando otras pequeñas editoriales intentaron sacar también parodias de animales antropomorfos esperando obtener beneficios rápidos. La mayoría de ellos lograron venderlos a las tiendas de cómics en grandes cantidades, pero no lograron venderse a los lectores, lo que llevó a un colapso de ventas de historietas durante 1986-1987.

A través de los años los cómics de las Tortugas Ninja han inspirado cuatro series separadas y varias historias alternativas, culminando en el TMNT: Volumen 4 en blanco y negro, que comenzó su publicación en 2001 y continuó hasta la fecha de 2005; sin embargo, sufrió de ventas escasas y de muy poca publicidad.

Archie Comics tuvo los derechos de publicación de cómics basados en la serie de animación de 1987. Estos cómics de aventuras, TMNT Adventures, dejaron de seguir la historia del programa de televisión después de la edición número 5 y desarrollaron sus propios argumentos de historia. Mientras que la serie de televisión de 1987 tenía mucho más humor, la encarnación de los cómics de Archie eran temas más oscuros, más violentos y exploraban temas tales como la muerte, conflictos religiosos y problemas medioambientales. La serie de cómics de Archie fue publicada entre 1988 y 1995.

El Volumen 2, publicado otra vez por Mirage, mostró a Baxter Stockman en un cuerpo robótico como el villano principal y salió en 13 ediciones completas a color. Image Comics también lanzó una serie más enfocada en la acción de las Tortugas Ninja, conocida como Volumen 3, después de la desaparición del Volumen 2 y antes del lanzamiento del Volumen 4. El Volumen 3 fue tenido en gran aversión por los fanáticos, en gran parte por la mutilación de los personajes principales (se muestra a Leonardo perdiendo un brazo y Raphael pierde uno de sus ojos). Se ha quitado de la continuidad y ya no se considera canon.

Dan Berger dibujó y escribió una tira cómica diaria relacionada, ésta fue publicada hasta su cancelación en diciembre de 1996. En la cima de su popularidad, fue publicada en más de 250 periódicos alrededor del mundo.

Desde junio hasta diciembre de 2003, fue publicada un cómic mensual por Dreamwave Productions, inspirado en la serie animada de 2003, hasta que fue cancelada debido a las bajas ventas. Fue escrita por Peter David e ilustrada por LeSean Thomas y en las primeras tres ediciones, que fueron las únicas basadas en esa serie de TV, se mostró la perspectiva de April O'Neil, Baxter Stockman y Casey Jones en lugar del punto de vista de las propias Tortugas.

La editorial IDW Publishing tomó los derechos de los cómics y actualmente publica su propia serie reboot de la franquicia y ha creado unos spin-offs centrados en algunos de sus personajes secundarios. Tanto la serie clásica como las actuales han sido reeditadas en español desde 2020, por la editorial española ECC Cómics, propietaria actual de los derechos de estos cómics en lengua castellana.